巨额的投资和运营成本、高于普通建筑的危险系数会给摩天大楼投资者们带来了极大的挑战。以金茂大厦为例，这座420米高的建筑，建造投资差不多达到了每平方米2万元，而每天的运营成本就是100万元左右。它有着长达470公里的水管，各类电缆和电线的总铺设长度有1135公里，几乎相当于从上海到北京的铁路的长度。水电、消防及暖通等基础装备，在这样的超高层建筑庞然大物中，超乎想像的繁杂，这也意味着相应的管理工作也是惊人地繁重及琐碎。正如一位金茂集团的管理有关负责人曾经说过，没有任何一个人能对金茂1.41万只各类的阀门做到了如指掌。

一般认为，摩天大楼的使用寿命为65年，它的维护费用则是一般建筑的3倍。这样来算，金茂大厦的维护费用将会达到237亿元，几乎是建设费用的4.5倍左右。没有足够的财力及先进的管理水平，根本无法去驾驭。

根据2011中国摩天城市排行榜”的研究者指出：“再高的摩天大楼在建成后都必须要有实体企业和高级白领的入住，必须要有实际的市场来支撑，而中国的摩天大楼实体企业参与比较少，可能存在着经营的风险，也面临过度投资的风险。”因此，有关建筑学家认为，高度超过300米的摩天大楼已失去节约用地的经济意义。从建筑学的角度上讲，100米以下的建筑更为经济实惠。

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