2000年11月3日，江泽民同志对上海国际航运中心洋山港建设做出重要批示。

2001年6月27日，上海市委成立上海市深水港工程建设指挥部党组。

2002年3月13日，国务院通过洋山深水港区一期工程可行性研究报告和开工报告，并同意授权上海市管理洋山港港政、航政和口岸管理的方案。

2002年6月，洋山深水港区一期工程开工建设。

2003年1月27日，上海港管理体制改革，成立上海市港口管理局，撤销国航办的建制；由市港口局挂国航办的牌子。

2004年，外高桥保税物流园区通过验收并运营。

2005年，长三角率先开展区域“大通关”建设。

2005年，上海港成为世界第一大货运港。

2005年，洋山深水港区顺利开港，洋山保税港区同步封关运行，洋山保税港区也是我国第一个保税港区。

2005年，上海高等级内河航道建设工程全面启动。

2006年，长三角16城市港口管理部门建立协调合作机制。

2006年，国务院批准筹建上海中国航海博物馆。

2007年，上海港集装箱吞吐量晋升世界第二。

2008年，开展“加快上海国际航运中心建设”调研课题研究。

2009年3月25日，国务院常务会议原则通过《关于推进上海加快发展现代服务业和先进制造业、建设国际金融中心和国际航运中心的意见》。。